昆山杜克大学由武汉大学和美国杜克大学合办，是一所非盈利性的并具有独立法人资格的中外合作办学机构。昆山杜克大学立足于高质量、国际化“精英教育”，引进杜克大学高水平课程体系和跨学科教育模式，结合中国国情和武汉大学学科优势，建成一所世界一流高等教育机构。

2012年8月17日，教育部批准中国武汉大学与美国杜克大学在江苏省昆山市合作筹备设立昆山杜克大学。

2012年12月19日，昆山杜克大学正式揭牌。

2013年9月17日，教育部正式批准武汉大学和美国杜克大学合作设立昆山杜克大学，校长由中国工程院院士刘经南担任。

2014年秋季，昆山杜克大学面向全球招收首批学生